Die systematische Freihandbibliothek der Zweigbibliothek Theologie gliedert sich folgendermaßen:
- Zeitschriftenauslage (EG): Hier werden alle ungebundenen Zeitschriftenhefte des laufenden Jahrgangs ausgelegt. Printzeitschriften sind generell nur vor Ort nutzbar.
- Allgemeines (EG): Enthält Referenz- und Nachschlagewerke sowie Einführungsliteratur und Zeitschriften zur gesamten Theologie. Der Bestand im EG ist generell nicht ausleihbar.
- Kirchengeschichte (1. OG): enthält Quellen, Zeitschriften und Forschungsliteratur zur gesamten Kirchengeschichte einschließlich der kirchlichen Zeitgeschichte
- Coptica (1. OG): enthält Quellen und Forschungsliteratur im Bereich koptischer Schriften
- Neuzeitliche Philosophie (1. OG): enthält Werkausgaben und Sekundärliteratur zu den wichtigsten Philosophen der Neuzeit
- Theologie und Geschlechterforschung (1. OG): umfasst Literatur zu Gender Studies allgemein und zur Geschlechterforschung in den Religionen
- Systematische Theologie (2. OG): enthält Quellen und Literatur zur theologischen Dogmatik und Ethik
- Religionswissenschaft, Missionswissenschaft und Ökumenik (2. OG): umfasst systematische Untersuchungen zur Religionswissenschaft sowie Literatur zu den Weltreligionen und Religionen ethnischer Gemeinschaften, zum Interreligiösen Dialog sowie zur Missionsgeschichte und Ökumenik einschließlich kontextueller Theologien
- Praktische Theologie (2. OG): Literatur zu allen Bereichen der Praktischen Theologie/Pastoraltheologie
- Religionspädagogik (2.OG)
- Religionssoziologie (2. OG): Klassiker der Soziologie und soziologische Schulen, Literatur zur Religionssoziologie, Kirchen- und Gemeindesoziologie, zum Gemeindeaufbau und zur Ekklesiologie sowie zur Kirche in der Gesellschaft
- Theologie des christlichen Lebens (2. OG)
- Christliche Archäologie und Kirchliche Kunst (1. und 2. OG): enthält Inventare, Kataloge, Grabungsberichte und andere Quellen sowie Sekundärliteratur zur Archäologie und Kunst aus allen Epochen der Kirchengeschichte
- Bibliothek Kirche und Judentum (2. OG): enthält Judaica sowie Literatur zum christlich-jüdischen Dialog
- Altes Testament (3. OG): Quellen und Darstellungen zur alttestamentlichen Forschung
- Neues Testament (3. OG): Quellen und Darstellungen zur neutestamentlichen Forschung sowie Judaica (Frühjudentum)
- Klass. Altertumswissenschaften (3. OG): umfasst griechische und römische Kulturgeschichte, Sprachwissenschaft und Literaturgeschichte (Schwerpunkt Quellenausgaben)